واکسن کرونا بدن را فریب می‌دهد و بدن فکر می‌کند که با ویروس کرونا در حال مبارزه است و پاسخ ایمنی طبیعی به یک عفونت آغاز می‌شود. اولین واکنش ممکن است در همان جای تزریق واکسن باعث تورم و درد شود. واکسن سیستم ایمنی را بسرعت فعال می‌کند که می‌تواند بر تمام بدن تاثیر بگذارد و علائمی مشابه آنفلوآنزا، تب، لرز و حالت تهوع ایجاد کند.
 
عوارض جانبی واکسن را همه یکسان تجربه نمی‌کنند. حالِ بعضی‌ها اصلا بد نمی‌شود و بعضی فقط کمی بی‌حال می‌شوند ولی می‌توانند سر کار بروند و عده‌ای هم باید استراحت کنند تا حالشان خوب شود. پروفسور آندرو پولارد که سرپرستی کارآزمایی‌های واکسن آکسفورد/آسترازنکا را به عهده داشته است می گوید: یک مسئله بسیار مهم سن است. هرچه بالاتر سن باشد، عوارض جانبی کمتر است، بالای ۷۰ سال تقریبا هیچ عارضه جانبی ندارد.
ولی دو فرد همسن ممکن است واکنش بسیار متفاوتی به واکسن داشته باشند. پرفسور رایلی می‌گوید "تفاوت ژنتیکی" زمینه‌ساز این تفاوت است؛ یعنی سیستم ایمنی بعضی افراد کمی شدیدتر عمل می‌کند و مستعد واکنشی تهاجمی است. او به من گفت: "کسانی مثل تو که دچار علائم شدید مشابه آنفلوانزا می‌شوند، بدنشان بیش از اندازه واکنش نشان داده است. ممکن است بعضی از این افراد  که وقتی سرما می‌خورند یا آنفلوانزا می‌گیرند هم حالشان خیلی بد می‌شود."
عامل دیگری که احتمال عوارض جانبی را کمی افزایش می‌دهد، ابتلای قبلی به کروناست که در برخی ممکن است واکسن باعث پاسخ ایمنی قوی شود.
پرفسور پولارد می‌گوید: "نمونه‌هایی وجود دارند، مانند همه گیری جهانی آنفلوآنزای سال ۲۰۰۹ که عوارض جانبی شدیدتر به معنی پاسخ ایمنی قوی‌تر بود". ولی این درباره واکسن کرونا صدق نمی‌کند: "بسیار جالب است که افراد مسن که عوارض جانبی کمتری داشتند، دقیقا همان پاسخ ایمنی را پیدا کردند".
این مسئله را با همکاری دو نوع پاسخ ایمنی می‌توان توضیح داد. اولی پاسخ ایمنی ذاتی نام دارد و همان سامانه هشدار آتش سوزی است. دومی پاسخ اکتسابی است، یعنی سیستم ایمنی یاد می‌گیرد و بعد به یاد می‌سپارد که چگونه با عفونت مبارزه کند، چگونه برای تولید پادتن‌های مناسب سلول‌های B طراحی کند و سلول‌های T بسازد که بتوانند به هر سلول بدن که عفونی شده حمله کنند. پروفسور رایلی می‌گوید: "پاسخ ایمنی ذاتی است که بر حسب سن در افراد متفاوت است و همان چیزی است که شدت عوارض جانبی را تعیین می‌کند. فقط کمی پاسخ ذاتی کافی است تا پاسخ اکتسابی را فعال کند و سلول‌های B و T را برای محافظت بسازد".